Bei der Nutzung von Server2Go kann es durchaus notwendig werden, die Apache-Konfiguration zu ändern. Vor allem PHP-Frameworks erwarten häufig ein aktiviertes "mod_rewrite" Modul um das Umschreiben von Urls zu ermöglichen. Dies ist allerdings mit dem erwarteten Methode, die "httpd.conf" im Ordner "Server/Apache/conf" zu bearbeiten, nicht möglich. Die Einstellungen werden beim nächsten Start einfach überschrieben.